淡澳河是大亚湾入海河流中流量最大且水质最差的河流，探究淡澳河口流域水动力水质变化对沿海环境风险管控和海岸带整治修复具有重要意义。基于环境流体动力学（EFDC）模型建立淡澳河感潮河段及整个河口区水动力水质模型，重点研究径潮流作用下淡澳河下游及河口区水动力过程，定量估算不同水期下盐水入侵及河流水质的响应关系。结果表明：1）大亚湾潮流以不规则半日混合潮型为主，每月约8～10 d为日潮，20～22 d为半日潮，日潮和半日潮下，表层水体不能到达虎爪断面（国控点位），底层水体可入侵到虎爪断面上游约700～1 100 m处；2）不同水期下的盐水入侵表明，淡澳河水体枯水期含盐量最高，达16‰，研究基于2019年水文资料初步划分了河海水团交界线，可为河口海岸带淡水和海水分类整治提供依据；3）由咸淡水交互与水质响应关系可知，丰水期污染物浓度相较于平水期增加明显，约为10%，上游流量变化直接影响水质，小潮期间尤为明显，建议进行工程优化调度减小小潮期间的下泄流量。