【目的】对引起日本沼虾“红体病”的拟态弧菌(Vibrio mimicus,V.mimicus)Y4菌株进行全基因组特性分析,为了解该病发病机理和控制此类疾病暴发提供参考。【方法】对Y4菌株和其他6株不同来源的拟态弧菌分离株进行了初步的比较基因组学研究。【结果】7株拟态弧菌菌株的耐药基因和tRNA数量无明显区别。Y4菌株无论是基因组大小、编码基因数量、重复序列,还是插入序列,与其他拟态弧菌菌株相比都表现出一定差异,其中IS3家族的插入序列明显多于其他拟态弧菌菌株。Y4菌株含有11个特有的毒力基因,且与多种毒力因子相关。Y4菌株基因组上还存在CRISPR序列,表明Y4菌株已获得了抵抗外来病毒基因的免疫功能。【结论】从比较基因组学的角度探究了不同来源拟态弧菌菌株的差异性,为后续拟态弧菌的生物学功能研究和基因组学研究提供了一定参考。