舌鳎属有些种类形态特征高度相似，导致了鉴定困难和种类的混乱，例如短吻三线舌鳎(Cynoglossusabbreviatus, Gray, 1834)、褐斑三线舌鳎(C. trigrammus, Günther,1862)和紫斑舌鳎(C. purpureomaculatus,Regan,1905)的种类有效性和种间关系就存在三种观点：仅短吻三线舌鳎为有效种；短吻三线舌鳎和褐斑三线舌鳎均为有效种，而紫斑舌鳎是褐斑三线舌鳎的次同物异名；三个名义种均为有效种。为了解决这一分类混乱，本研究对三种舌鳎的原始描述、自测的模式标本和中国大陆沿海采集标本的28个形态特征和分子条形码进行了比较分析。结果显示，8个可数和16个可量特征的比例值以及2个描述性状在三个种之间为一致、包含、大部分重叠的关系；只有2个描述特征存在差异，一个是在吻长较上眼上缘距背鳍基部的长度特征上，短吻三线舌鳎和紫斑舌鳎为略长、等长或略短于的连续特征值，而褐斑三线舌鳎为明显大于；另一个差异是体表的花色差异，紫斑舌鳎体长一般小于200 mm，且具有明显的斑纹，短吻三线舌鳎体长一般大于200 mm，且随着体长增加，斑点逐渐淡化或者无斑，而不同体长的褐斑三线舌鳎在头后和身体前3/4均具有明显的零星褐色斑纹。COⅠ分子条形码结果显示，短吻三线舌鳎和紫斑舌鳎的遗传距离为0.000～0.002，为种内差异;褐斑三线舌与其他两种舌鳎之间的遗传距离为0.141～0.145，为种间差异。研究表明，短吻三线舌鳎和褐斑三线舌鳎是有效种，紫斑舌鳎是短吻三线舌鳎的次同物异名。本研究结果为鲽形目鱼类的正确分类提供了科学依据。