漂白粉消毒是凡纳滨对虾养殖源水常见的管控措施,可有效控制病原菌传播；然而,消毒会强烈扰动水体微生物群落,但源水细菌群落对漂白粉消毒的响应特征尚未阐明。在室内条件下,设置高浓度(60 mg/L)和低浓度(20 mg/L)漂白粉消毒源水,通过高通量测序及荧光定量PCR技术探究消毒后源水细菌群落、病原菌及抗生素抗性基因(ARGs)的动态响应规律。结果显示,消毒后,拟杆菌门(Bacteroidota)丰度上升,高浓度组变形菌门(Proteobacteria)的丰度显著降低；至第3天,两组源水的细菌群落组成趋于一致。此外,漂白粉消毒显著改变了源水的细菌群落结构及共现网络的复杂性。在控制水体病原菌方面,消毒后病原菌的总丰度降低,但种类增加,高浓度漂白粉消毒对病原菌的抑制作用更加显著。漂白粉消毒对ARGs的去除具有选择性,仅对sul1、floR、cfr、tetQ有一定的去除作用,且高、低浓度对ARGs的去除无差异。综上,60 mg/L可以作为漂白粉消毒养殖源水的更好浓度选择。研究结果从微生物生态视角评价了不同浓度漂白粉的消毒作用,可为对虾养殖生产中的源水管控提供理论支撑。