【目的】为进一步挖掘南极磷虾（Euphausia superba）粉作为水产饲料优质蛋白源的利用价值，探讨发酵南极磷虾粉对锦鲤（Cyprinus carpio）生长性能、血清生化指标、肠道结构及菌群的影响。【方法】以初体质量（4.92±0.22）g的450尾锦鲤为研究对象，将其随机分为5个组，每组设置3个重复，每个重复30尾鱼。其中对照组添加200 g/kg未发酵的脱脂南极磷虾粉，实验组添加200 g/kg由粪肠球菌（Enterococcus faecalis）、植物乳杆菌（Lactobacillus plantarum）、丁酸梭菌（Clostridium butyricum）和其三者复合菌（质量比1:1:1）发酵的脱脂南极磷虾粉，分别命名为A（对照组）、B、C、D和E组。投喂共计70 d，然后测定锦鲤的生长性能、血清生化指标、肠道结构及肠道菌群。【结果】1）实验组锦鲤的末体质量、特定生长率和增重率均显著高于对照组（P <0.05），其中E组的生长性能显著高于其余各实验组（P <0.05）。2）实验组血清超氧化物歧化酶（SOD）、过氧化氢酶（CAT）、碱性磷酸酶（AKP）、酸性磷酸酶（ACP）活性显著提高（P <0.05）。3）肠道组织学发现，各实验组锦鲤肠道肌层厚度和绒毛高度均于对照组，并且各组肠道健康状况较为一致，未发现明显损伤。4）肠道菌群研究结果显示，实验组Chao1指数、香农指数（Shannon）和辛普森指数（Simpson）均有不同程度的提高。在门水平上，各组共有的优势菌群有梭杆菌门（Fusobacteria）、拟杆菌门（Bacteroidetes）、变形菌门（Proteobacteria）、软壁菌门（Tenericutes）、厚壁菌门（Firmicutes）和放线菌门（Actinobacteria）。在属水平上，优势菌群有鲸杆菌属（Cetobacterium）、拟杆菌属（Bacteroides）、气单胞菌属（Aeromonas）。实验组锦鲤肠道内有益菌分布比例（鲸杆菌属和拟杆菌属）有所提高，有利于肠道菌群的稳定和肠道健康。【结论】在脱脂南极磷虾粉添加水平为200 g/kg的锦鲤饲料中，使用复合菌[m（粪肠球菌）:m（植物乳杆菌）:m（丁酸梭菌）=1:1:1]对磷虾粉进行发酵，更有利于锦鲤的生长。