澳洲管体星虫是海南当地的特色海产资源,隶属管体星虫属.该属在星虫动物门内的分类地位一直极具争议.文章通过高通量测序测定海南文昌地区澳洲管体星虫的线粒体基因组,与GenBank中收集的星虫线粒体基因组进行比对分析,解析其基因组序列特征,并进一步探讨管体星虫属在星虫动物门内的进化地位.结果显示:澳洲管体星虫线粒体基因组长度为16483bp,包含 38个基因(13个蛋白质编码基因、23个tRNAs和 2个rRNAs).线粒体基因组呈AT偏好,其A+T的含量为65.87％.分析相对同义密码子使用度发现,澳洲管体星虫线粒体蛋白质编码基因对结尾为 A 和 U 的密码子具有明显偏好性.澳洲管体星虫线粒体蛋白编码基因 COX1、COX3、ND5 的氨基酸数量与其他星虫比较,差异较大.澳洲管体星虫与GenBank中收集的星虫线粒体基因组的主编码基因中,COX1、COX2和CYTB基因变异位点比例低,而ND2、ND4L和ND6基因变异位点比例高,ATP8基因的变异位点的比例最高(83.33％).采用邻接法(neighbor-joining,NJ)、最大似然法(maximum likelihood,ML)、贝叶斯法(Bayesian inference,BI),利用线粒体基因组核酸序列构建进化树,结果显示,管体星虫属介于革囊星虫属和方格星虫属之间,与革囊星虫属关系较近,反而与方格星虫属的关系较远,与传统的形态学分类不一致.形态学上,管体星虫属混合了革囊星虫属和方格星虫属的形态特征,而线粒体基因组构建的进化树更能体现管体星虫属真实且独特的进化地位.