粤港澳大湾区是国家建设世界级城市群和参与全球竞争的重要空间载体。20世纪80年代以来，为了加速城镇化建设，进行了大规模的填海造陆和围垦养殖等活动，导致大面积的自然岸线、滩涂和淤泥质岸滩等重要滨海湿地消失，湾区内重要的红树林、珊瑚礁和海草床等特色滨海湿地生态系统也受到较大的破坏，局部区域因围填海工程破坏至无法发挥正常的生态功能。为了严控围填海项目，国家自2016年起出台一系列相关政策，要求加快处理围填海历史遗留问题，采取生态保护修复的策略，以“自然恢复为主、人工修复为辅”的方式逐渐恢复已退化的滨海湿地。文章结合粤港澳大湾区实际案例，从管理、科学和技术3个不同的角度，探讨针对围填海工程造成的自然岸线消失、滨海湿地功能退化、水动力条件受损和生物资源丧失等情况的生态保护修复对策，为粤港澳大湾区生态系统的保护与管理提供参考。