安徽内河船舶航运存在额定配员不足、私下租借适任证书、船员青黄不接，以及超时疲劳违规航行等问题；在船员监管方面，海事处罚比例失衡，监督执法脱节，违规处罚力度不高，现场取证相对困难。问题的产生源于经济发展放缓、内河航运市场运力过剩、船员数量不能满足要求、内河船民生活习惯根深蒂固等原因。应持续完善相关法规，实施内河选船机制，加大行政处罚力度，加强船员履职管理，从而有效解决内河船舶配员问题，确保内河航运的安全营运。