2016年，上海市海洋局按照本市海洋生态环境保护工作的总体要求，开展了近岸海洋生态环境监测、海洋环境监管监测、公益服务监测、海洋生态环境风险监测、海洋资源环境承载力试点监测等工作。监测要素包含水文气象、海水、沉积物、海洋生物等百余项。监测海域覆盖本市海域1及邻近区域，面积逾1.72万平方公里，共布设水质站位355个，沉积物、生物站位各206个，采集样品11800余个，获取监测数据128000余个。
监测结果表明，2016年本市海域海水水质状况较2015年有所改善，劣于第四类标准2的要素主要为无机氮和活性磷酸盐；沉积物环境质量状况总体良好；浮游植物、浮游动物、底栖动物、潮间带生物等生物多样性状况一般；长江口生态监控区处于亚健康状态。长江口水源地保护区除粪大肠菌群、铁、锰等个别要素偶有超标外，其他要素均符合地表水环境质量Ⅲ类标准和补充项目标准限值。自然保护区邻近水域的多数监测要素符合第一类标准，超标要素以无机氮和活性磷酸盐为主，沉积物质量满足其功能区要求。金山城市沙滩滨海旅游度假区和奉贤碧海金沙滨海旅游度假区适宜开展休闲（观光）活动。海洋（涉海）工程区水体的多数监测要素满足功能区要求，沉积物质量满足功能区要求。倾倒区内、外水体和沉积物质量状况无明显差异，局部区域出现淤积。
2016年本市海域监测到赤潮2起，累计影响面积约1690平方公里。崇明岛东部未出现海水入侵和土壤盐渍化现象。崇明东滩南部岸段侵蚀减弱。本市海域海水环境中放射性水平未见异常。