菲律宾海的热流变化很大和日本海的很不一致。大概和起伏的海底和薄覆盖有关。这可能引起热流的折射和热液循环的平流模式。菲律宾海北热流调查显示出局部和区域高热流值在汇聚板块边界。自从 20 世纪 60、日本和前苏联都对这个地区进行了地热调查。大部分是通过深海热流，多渗透型仪器也在局部地方使用。