厦门湾港口合并后,厦门港深水岸线增加14 km,总长达到40 km,可容纳万吨级以上的深水泊位达到114个。但由于跨行政区域等原因,厦门湾南北两岸的港口一体化管理的成效未能充分体现,出现了港口管理体制和各港区在管理上的“同港不同政策”。